Родился в 1921 году. Юджи был сыном Тошиджи Ешимура, в то время одного из самых крупных мастеров бонсай в мире. Отцу Юджи принадлежал питомник в пригороде Токио, специализирующийся на выращивании бонсай. Кроме того Тошиджи был самураем и известным ландшафтным дизайнером.
Старший сын в семье Тошиджи умер, когда Юджи было всего три года, и Юджи стал наследником семейного дела.

На базе семейного бизнеса Юджи освоил искусство традиционного бонсай. Окончив школу садоводства в Токио, где наряду с основами паркового искусства, преподавали искусство бонсай и бонкей. Юджи получил исключительные знания, которые пригодились ему в содержании питомника.

В 30 лет Юджи начал сотрудничать со своим другом и переводчиком Альфредом Коэном. Целью сотрудничества было открытие официальных курсов по искусству бонсай для общественности. В результате, около пяти сотен человек посетило эти семинары.
Хотя Юджи уже имел небольшие публикации на тему бонсай в различных книгах, настоящий прорыв произошел после публикации в 1957 году книги «Японское искусство миниатюризации деревьев и ландшафтов» под авторством Юджи Ешимура и Джованни М. Хелфорда.
Будучи популярным мастером бонсай, Юджи было предложено преподавать в Бруклинском ботаническом саду.
Начиная с 1960 года, Юджи путешествует по всему миру с лекциями. В 1960 году он посетил Австралию, с целью помочь развивающемуся там искусству. В дополнении к своим семинарам, Юджи продолжал писать и делать все от него зависящее, чтобы распространять искусство бонсай среди широких масс населения. Его признание было настолько велико, что в 1966 году в Журнале Уолл-Стрит вышла статья о нем.

К 1971 году он организовал бонсай – туры в Японию. В 1975 году отец Юджи умер в возрасте 83 лет.
В 1973 году Юджи обсуждал с директором Национального Американского Дендрария доктором Кричем свою мечту о создании специального места, куда любой американец, занимающийся бонсай, мог бы поместить своего питомца, где бы он содержался и был доступен для публики на долгие годы. Этот разговор в итоге привел к созданию Национального музея бонсай и пенджинг в Америке.

В начале марта 1995 года Юджи Ешимура перенес инсульт, но выжил и продолжал способствовать развитию искусства бонсай до 1997 года. В канун рождества 1997 года мастер умер.

Национальная организация бонсай создала фонд Юджи Ешимура, для того чтобы сохранить память о великом художнике для будущих поколений.